NBC a publié un communiqué officiel sur la saison 3 de Heroes :

Avec le retour de ses dons, le serial killer Sylar continue d'accumuler les aptitudes des personnes, ce qui le conduit à la maison Bennet. Lié à une compagnie secrète ayant un intérêt particulier pour les gens comme sa fille, H.R.G. trouve un nouveau but lorsque ses ennemis les plus dangereux s'évadent et qu'ils doivent être recapturés. De son côté, Claire Bennet, une cheerleader indestructible lutte pour définir son identité et sa place dans le monde.

Un acte d'héroïsme dévoile un secret incroyable concernant Niki Sanders, une mère célibatraire de Las Vegas avec une force incroyable et une famille inconnue et cachée. Au Japon, l'héritier des Industries Yamagato, Hiro Nakamura continue d'user de son don de voyager dans le continuum espace-temps pour plonger dans des aventures folles et internationales avec son meilleur ami, Ando Masahashi.

La tentative d'assassinat de Nathan Petrelli conduit plusieurs héros dans un quête spirituelle pour expliquer son pouvoir de voler. Pour son plus jeune frère, Peter, le futur et le présent se heurtent lorsque ses nombreux pouvoirs absorbés le conduisent à découvrir que le seul moyen de mettre un terme aux évènements catastrophiques auxquels est confronté le monde est de faire l'inimaginable. Pendant ce temps, sa mère Angela et ses associés continuent leurs machinations complexes pour changer le monde.

L'ancien officier de police de Los Angeles, Matt Parkman apprend de nouveaux moyens d'user de son aptitude à entendre à distance et manipuler les pensées des autres par un guide imprévisible. Le Dr Mohinder Suresh, un professeur en génétique d'Inde, fait un pas dangereux du côté obscur tandis que ses recherches concernant les personnes avec des dons extraordinaires continuent. Loin de sa République Dominicaine natale, Maya Herrera qui provoque la mort lorsqu'elle a peur ou qu'elle est en colère, supplie Suresh de la guérir. Mais elle finit par le voir sombrer du côté obscur sans qu'elle puisse intervenir.